Нелл Харпер Ли родилась 28 апреля 1926 года в маленьком городке Монровиль в юго-западной части штата Алабама. Она была младшим ребёнком Амаса Колмана Ли и Франсес Каннингем Финч Ли (всего в семье было четверо детей). Её отец, бывший владелец и редактор газеты, был юристом, а с 1926 года по 1938 год состоял на государственной службе. В детстве Ли была сорванцом и рано начала читать. Дружила с одноклассником и соседом молодым Труманом Капоте.
Ли было всего пять лет, когда в апреле 1931 года в небольшом городке Скоттсборо (штат Алабама) состоялись первые суды по делу предполагаемых изнасилований двух белых женщин девятью молодыми чернокожими. Подзащитным, которых чуть было не линчевали ещё до того, как состоялся суд, услуги защитника были предоставлены только с момента, когда началось рассмотрение дела в суде. Несмотря на медицинское заключение, согласно которому женщины не были изнасилованы, суд присяжных, состоявший только из людей белой расы, признал виновными и приговорил к смертной казни всех обвиняемых, за исключением самого младшего, тринадцатилетнего. На протяжении последующих шести лет в апелляционном процессе большинство из этих обвинений было снято и все обвиняемые за исключением одного были освобождены. Скоттсборское дело оставило неизгладимое впечатление у молодой Харпер Ли, которая много лет спустя использует его как основу для работы над своим романом «Убить пересмешника».
После окончания школы в Монровилле Ли поступила в женский колледж Хантингдон в Монтгомери (1944—1945), училась юриспруденции в Алабамском университете (1945—1949), вступила в женское студенческое братство «Хи-Омега» (англ. Chi Omega). В это время она опубликовала несколько студенческих рассказов и около года была редактором юмористического журнала Реммер-Джеммер. Она так и не окончила университет и не получила юридическое образование, но провела лето в Оксфорде в Англии, потом поселилась в Нью-Йорке и работала служащим представительств авиакомпании англ. Eastern Air Lines и BOAC.
Ли продолжала работать служащим авиалиний до конца 1950-х, когда она решила посвятить себя писательской работе. Она вела скромный образ жизни, живя на два дома — у неё была собственная квартира без горячей воды в Нью-Йорке, а временами она проводила время в родительском доме в штате Алабама, где у неё оставался больной отец.
